Il mezzogiorno a Sepang è caratterizzato da un clima stabile e un cielo velato. La pioggia è stata protagonista sabato e venerdì ma domenica il meteo è migliore, almeno per la prova della classe leggera. Nel warm up il più veloce è stato Bagnaia davanti a Idham Pawi (Honda Team Asia). Nelle prove della mattina i corridori sono scesi in pista con gomme da bagnato; la pista, dopo la notte di precipitazioni, presentava ancora ampie zone umide e l’asfalto si è asciugato completamente per il via della gara.
La prima fila della griglia di partenza è composta da Binder, autore della pole, Jorge Navarro (Estrella Galicia 0,0) al secondo posto e a chiudere il pilota piemontese portacolori Aspar Mahindra. Da segnalare la prima gara di Ayumu Sazaki, vincitore della Red Bull Rookies Cup 2016 e, con il team Gresini, in sostituzione dell’infortunato Enea Bastianini. Il riminese è secondo in classifica generale e la defezione malese però non gli costerà il recupero di Navarro, tra le vittime delle molte cadute che da subito hanno caratterizzeranno la prova. Belle qualifiche per Lorenzo Dalla Porta, il giovane pilota dello Sky Team VR46 apre la seconda fila mentre i suoi compagni di box Nicolò Bulega e Andrea Migno sono più arretrati; la loro prova sarà segnata dagli incidenti e solo il toscano arriverà alla fine, come sedicesimo.
Si spegne il semaforo e Binder parte bene seguito da Gabriel Rodrigo e da Bagnaia mentre cadono alla curva 2 Juanfran Guevara (RBA Racing), Sasaki e Migno poi successivamente Bulega, Aron Canet (Estrella Galicia 0,0) Jorge Martin (Pull&Bear Aspar), Phillip Oettl (Schedl GP) e Tarsuki Sukuki (CIP-Unicum). In fine Adam Norrodin (Drive M7) alla curva sette. I ritiri saranno il tema costante.
Al primo giro il sudafricano è seguito da Bagnaia e l’unico pilota dello Sky Team rimasto in pista è Lorenzo Dalla Porta, attaccato alle prime cinque posizioni. Proprio davanti a lui si accende la battaglia per il dominare la corsa e in questa entra anche Joan Mir (Leopard Racing). Ma nello stesso punto della caduta precedente, la curva sei, il pilota spagnolo scivola insieme a Binder, Della Porta e Fabio Di Giannantonio (Gresini Racing). Per il campione del mondo, che ritorna ai box con la moto distrutta, la gara malese è finita. Le cadute iniziali ricordano la precedente prova a Phillip Island. L’ultima scivolata in ordine di tempo è quella di Navarro, al quinto giro.
Bagnaia resta al comando dopo le cadute che hanno messo fuori gara tutti i corridori di alta classifica. Binder rientra ma sarà doppiato di due giri mentre il torinese è seguito da Kornfeil e Niccolò Antonelli (Ongetta-Rivacold). Il terzo migliore degli italiani è ora Locatelli che poi diventa il secondo quando anche il pilota Ongetta-Rivacold cade alla curva 9 seguito sull’asfalto dal compagno di box Jules Danilo.
A meno otto giri dalla fine Bagnaia comanda con oltre sette secondi di vantaggio su Kornfeil, al terzo posto segue Bo Bendsneyder (Red Bull KTM Ajo). Il pilota Mahindra non solo può vincere la sua seconda gara stagionale ma fare un deciso passo in avanti in classifica iridata dove ora è settimo.
La corsa sembra chiusa, Bagnaia resta stabile al comando mentre dietro di lui si accende la lotta per il secondo posto nella quale avrà la meglio Kornfeil. A meno quattro giri dalla fine infatti la caduta di Maria Herrera (MH6 Team) impone la bandiera rossa e la gara si conclude.
Vince il pilota Aspar seguito dal numero 84 del team Drive M7 SIC e da Bendsneyder, poi i due portacolori Leopard Racing Fabio Quartararo e Andrea Locatelli.
Binder, già campione, resta primo in classifica mentre dietro di lui la classifica resta ferma eccetto il grande recupero di Bagnaia ora terzo con 145 punti.